檢察官主要職掌在偵查犯罪，並依偵查結果認定被告是否涉有犯罪，如有相當證據足以認定被告犯罪，應依刑事訴訴法第264條、第451條規定將被告提起公訴或聲請簡易判決處刑，但檢察官亦可依刑事訴訟法第253條或第253條之1規定，審酌案情，對被告以職權不起訴處分或緩起訴處分之方式代替提起公訴。

反之，如有刑事訴訟法第252條所列情形之一者，則應為不起訴處分:

1. 曾經判決確定者。
2. 時效已完成者。
3. 曾經大赦者。
4. 犯罪後之法律已廢止其刑罰。
5. 告訴或請求乃論之罪，其告訴或請求已經撤回或已逾告訴期間者。
6. 被告死亡者。
7. 法院對被告無審判權者。
8. 行為不罰者。
9. 法律應免除其刑者。
10. 犯罪嫌疑不足者。

另依「臺灣高等檢察署所屬各地方檢察署及其檢察分署辦理他案應行注意事項」第3點規定，有下列情形之一者，檢察官得逕行簽請報結:

1. 匿名告發且告發內容空泛。
2. 就已分案或結案之同一事實再重複告發。
3. 依陳述事實或告發內容，顯與犯罪無關。
4. 陳述事實或告發內容係虛擬或經驗上不可能。
5. 對公務員依法執行公務不服而申告，但對構成刑責之要件嫌疑事實未有任何具體指摘，或提出相關事證或指出涉案事證所在。
6. 經常提出申告之人，所告案件均查非事實或已判決無罪或不起訴處分確定，復再申告。

為有效打擊犯罪，本署設有偵一組「婦幼保護專組」、偵二組「重大刑案專組」、偵三組「毒品查緝專組」、偵四組「肅貪及國土保育專組」、偵五組「重大經濟犯罪專組」、偵六組「打擊民生犯罪專組」、偵七組「機動組」，針對特定犯罪類型採取專組團隊辦案模式，以求偵查作為更加精進、迅速及妥適。